Prof dr. Age Smilde

“Er is zoveel dat we niet weten dat een kwantitatieve beschrijving op systeemniveau nog ver weg is.”

Biosystems Data Analysis group, Swammerdam Institute for Life Sciences, Universiteit van Amsterdam
www.bdagroup.nl/Home.php
Groepsgrootte: 12-15

1. Wat is het leidende onderzoeksthema in uw groep?
   “We richten ons niet op een specifieke biologische vraag, maar ontwikkelen methoden en modellen om complexe biologische netwerken te begrijpen. We werken met tijdsafhankelijke, multivariabele data die voortkomen uit functionele genomics-platforms, zoals metabolomics en proteomics. We proberen onze modellen zo expliciet mogelijk te maken, wat betekent dat we a priori kennis opnemen. Hiervoor werken we nauw samen met biologen om essentiële kennis te vergaren over de netwerken die we in een model proberen vast te leggen.”
2. Met welk type groepen of organisaties werkt u het meest samen en waarom?
   “Biologische onderzoeksgroepen leveren de vragen en data voor ons onderzoek. Met academische groepen richten we ons op medische onderwerpen. Zelf werk ik een dag in de week bij het Academisch Medisch Centrum hier in Amsterdam. Met onze industriële partners ligt de focus vooral op projecten gerelateerd aan voeding en microbiologie. Voor het meer analytische chemische deel van de metingen werken we samen met partijen als NMC en NPC. Met systeembiologiegroepen, bijvoorbeeld binnen het NISB, werken we samen aan methodologie, met de Biometris-groep in Wageningen werken we aan statistiek en natuurlijk binnen NBIC hebben we partnerschappen op bioinformatica-onderwerpen. Een vrij bijzondere en langdurige samenwerking is er met onderzoekers in psychometrie. Dit is het gebied waar enkele van de multivariate analysetools die we gebruiken oorspronkelijk zijn ontwikkeld.”
3. Wat zijn vanuit jouw onderzoeksperspectief de grootste uitdagingen in de bioinformatica op dit moment?
   “Het multiscale probleem is een grote uitdaging. Het is het probleem dat zich bijvoorbeeld voordoet als je verschillende metingen op verschillende niveaus in het lichaam wilt koppelen. Er zijn nog veel conceptuele problemen om aan te pakken. Hoe vertaal je metingen op cellulair niveau en dus op de cellulaire tijdschaal naar het niveau van organen en verder. Hoe worden deze basissignalen omgezet in fenotypische eigenschappen? En hoe vindt feedback naar het cellulaire niveau plaats? Er is zoveel dat we niet weten dat een kwantitatieve beschrijving op systeemniveau nog ver weg is.”
4. Wat is de belangrijkste taak van een groepsleider?
   “Ik zie twee hoofdtaken. De eerste is om mensen te motiveren en iedereen het gevoel te geven dat ze deel uitmaken van een team dat werkt aan een gemeenschappelijk doel. De tweede is om duidelijke keuzes te maken over wat de focus van de groep moet zijn en zo te zorgen voor een sterk en zichtbaar profiel van de groep.”
5. Hoe zou je de sfeer in je groep omschrijven?
   [Lacht] “Ik vind de sfeer heel open en informeel, maar vraag mijn promovendi eens of zij dat ook zo zien. Verder is iedereen heel gemotiveerd. Mensen werken hier heel hard.”

Tekst van Esther Thole.