Prof. Dr. Bas Teusink

Systems Bioinformatics Group, Centre for Integrative Bioinformatics, Vrije Universiteit Amsterdam
http://www.ibi.vu.nl/sysbio/
Groepsgrootte: 15

1. Wat is het leidende onderzoeksthema in uw groep?
   “Om de algemene ontwerpprincipes achter biologische netwerken te vinden. Onze aanpak is als het tegenovergestelde van engineering. Wanneer een ingenieur begint met een ontwerp voor een systeem, moet hij weten wat de gewenste functie is en wat de beperkingen zijn. Dit geeft hem de nodige specificaties. In ons geval bestaat het systeem al en moeten we de specificaties afleiden. Wat is de functie van een systeem en wat zijn de beperkingen? Dat zal hopelijk onthullen waarom de evolutie dit specifieke systeem heeft geselecteerd. Een voorbeeld om de biologische context van ons werk te illustreren is het Warburg-effect, het fenomeen dat snelgroeiende kankercellen hun consumptie van glucose sterk verhogen en het gebruiken om melkzuur te produceren, wat een veel minder efficiënt proces is dan het volledig verbruiken van glucose om energie te genereren. Dit gebeurt bij veel soorten kanker. Een soortgelijk effect is bekend bij gist en bacteriën. Wanneer brandstof overvloedig aanwezig is, gebruiken organismen dat om heel snel te groeien, maar ze worden erg slordig in de manier waarop ze hun hulpbronnen gebruiken. Het lijkt onmogelijk om snel te groeien en tegelijkertijd efficiënt hulpbronnen te gebruiken. Maar waarom? Wat zijn de onderliggende afwegingen en beperkingen van zo’n algemeen principe?”
2. Met wat voor soort groepen of organisaties werkt u het meest samen en waarom?
   “We werken met wiskundigen die geïnteresseerd zijn in biologie. Die zijn overigens relatief zeldzaam, maar ze bestaan ​​wel. We werken ook samen met experimentele groepen, bijvoorbeeld in de moleculaire biologie of biofysica. En natuurlijk werken we samen met onze collega-systeembiologen. Mijn groep vertegenwoordigt deze combinatie van theorie en experiment heel goed. Ongeveer de helft van de mensen werkt aan theoretische benaderingen en de andere helft vormt de experimentele kant.”
3. Wat zijn vanuit uw onderzoeksperspectief de belangrijkste uitdagingen in de bioinformatica op dit moment?
   “Om data-integratie verder te brengen dan de huidige statistische aard. We moeten meer systemen en mechanistische kennis opnemen in onze data-analyse. Data-integratie zou meer moeten zijn dan alleen het toevoegen van een andere dataset.”
4. Wat is de belangrijkste taak van een groepsleider?
   “Zorgen dat iedereen tevreden en veilig is, zodat ze hun volledige potentieel kunnen realiseren. En dat op zo’n manier dat ik ze zo min mogelijk belast.”
5. Hoe zou je de sfeer in je groep omschrijven?
   “Heel internationaal, enthousiast, geen hiërarchie, iedereen communiceert makkelijk. Actieve discussies en doordat er samenhang is tussen ieders activiteiten is er ook een echte teamspirit. En het is een echt multidisciplinair team, we hebben een theoretisch natuurkundige, een medisch bioloog en alles ertussenin.”

Tekst van Esther Thole.