Bas van Breukelen, Ph.D.

Afdeling Biomoleculaire Massaspectrometrie en Proteomics, Universiteit Utrecht / Netherlands Proteomics Centre
http://bioms.chem.uu.nl/index.php/groupp-members/people/userprofile/63Group
Groepsgrootte: 5

1. Wat is het leidende onderzoeksthema in uw groep?
   “Bioinformatica voor proteomics-onderzoek. Ons werk bestrijkt het hele spectrum van het verwerken van de ruwe massaspectrometriegegevens tot de uiteindelijke kwalitatieve en kwantitatieve analyse van het eiwitgehalte. Hiervoor is veel technologische ontwikkeling nodig, aangezien er ongeveer elke zes maanden een nieuwe en verbeterde massaspectrometer beschikbaar is, wat vraagt ​​om een ​​nieuw algoritme. We ontwikkelen ook technologie die zich richt op specifieke domeinen binnen proteomics, zoals fosfoproteomics, dat zich bezighoudt met gefosforyleerde peptiden en fosforyleringspaden. We doen ook fundamenteel onderzoek, bijvoorbeeld naar de evolutie van structurele motieven in eiwitten en het behoud van post-translationele modificaties, maar het grootste deel van ons werk wordt aangestuurd door biologische vragen van andere groepen.”
2. Met welk type groepen of organisaties werkt u het meest samen en waarom?
   “Omdat we zoveel verschillende activiteiten bestrijken, zijn onze samenwerkingen ook heel divers. We werken samen met farmaceutische bedrijven, bijvoorbeeld om de eiwitten te identificeren die zich binden aan hun verbinding van interesse. Groepen die werken aan het Universitair Medisch Centrum hier in Utrecht hebben vragen over het eiwitgehalte van patiëntmonsters. We werken ook samen met groepen die fundamenteel onderzoek doen en met andere proteomics- en bioinformaticagroepen, waaronder de EBI, SIB en natuurlijk het NBIC/NPC-platform. Een bijzonder nauwe samenwerking hebben we met de groep van Berend Snel, ook hier in Utrecht. Ons werk aan de evolutie van structurele motieven is een voorbeeld.”
3. Wat zijn vanuit jouw onderzoeksperspectief de grootste uitdagingen in de bioinformatica op dit moment?
   “De verschillende omics-domeinen integreren. Als we erin slagen om homogeniteit in data en interoperabiliteit tussen databronnen te garanderen, dan zie ik grote kansen voor vooruitgang. Dit is natuurlijk een enorme uitdaging. We moeten klein beginnen, met twee nauw verwante vakgebieden die werken aan data uit dezelfde bron. Houd het simpel en voeg geleidelijk meer complexiteit toe. We denken momenteel na over manieren om proteomics- en genomics-data te integreren. Een van de taken van bioinformatici is dat ze actiever aan de onderzoekers in de wet-labs uitleggen hoe een experiment moet worden opgezet en uitgevoerd om de kwaliteit en bruikbaarheid van de data te waarborgen. Bioinformatica is geen tool die door het lab wordt gedicteerd.”
4. Wat is de belangrijkste taak van een groepsleider?
   “Houd het overzicht. Je moet ook als tolk optreden om een ​​biologisch probleem te ‘vertalen’ naar een bioinformaticavraag.”
5. Hoe zou je de sfeer in je groep omschrijven?
   “Erg prettig. We zijn een kleine groep, we weten allemaal wat iedereen doet. Er wordt veel gediscussieerd en we helpen elkaar. We maken deel uit van een veel grotere groep en ik denk dat we gewaardeerd worden. Bioinformatici worden soms gezien als bloedzuigers die profiteren van het succes van biologen, maar ik denk dat dat hier niet het geval is.”

Tekst van Esther Thole.