Berend Snel, Ph.D.

Evolutionaire genomica en integratieve bio-informatica
Afdeling Biologie, Universiteit Utrecht
http://bioinformatics.bio.uu.nl/snel/
Groepsgrootte: 6

1. Wat is het leidende onderzoeksthema in uw groep?
   “De evolutie van genomen op grote tijdschalen. We weten dat sommige genen dupliceren, terwijl andere genen verdwijnen. Maar waarom? Welke factoren leiden ertoe dat een duplicaat nieuwe functionaliteiten vertoont of, alternatief, ervoor zorgt dat het als een substituut voor het ‘ouder’-gen fungeert? Hoe verhouden duplicatie en deletie zich tot eiwitcomplexen en het eiwitinteractienetwerk? Wat komt eerst: het verdwijnen van een gen, wat leidt tot het verdwijnen van een eiwit en de bijbehorende interacties of is het andersom? Door gedetailleerde casestudies te combineren met integratieve benaderingen streven we ernaar om de verschillende stappen in de evolutie van genomen systematisch in kaart te brengen en te bestuderen of deze stappen unieke gebeurtenissen zijn of dat ze meer algemene concepten vertegenwoordigen.”
2. Met welke groepen of organisaties werk je het meest samen en waarom?
   “We hebben in principe drie soorten samenwerkingen. De eerste is met andere bioinformatica-georiënteerde groepen zoals die van Albert Heck en Frank Holstege hier in Utrecht, waar we hun data aanpakken met onze expertise op het gebied van evolutie. De tweede zijn plantenonderzoeksgroepen die vooral geïnteresseerd zijn in de biologische functie van bepaalde genen en die we ondersteunen door data uit verschillende bronnen te integreren. En de derde zijn groepen die actief zijn in planten- of medisch onderzoek die individuele eiwitten bestuderen en bijvoorbeeld geïnteresseerd zijn in orthologen, duplicanten of waar ‘hun’ gen zich bevindt in de evolutionaire boom van zijn genfamilie.”
3. Wat zijn vanuit jouw onderzoeksperspectief de grootste uitdagingen in de bioinformatica op dit moment?
   “Moeilijk te zeggen, want ik word al bijna tien jaar geconfronteerd met een aantal obstakels. Zoals het gebrek aan functionele data in tegenstelling tot de krankzinnige toename van sequentiedata, die tegelijkertijd veel interessante genomen genereert die erg slecht geannoteerd zijn. Maar dat is waarschijnlijk wat iedereen zegt.”
4. Wat is de belangrijkste taak van een groepsleider?

“Het is alsof je je eigen kleine supermarkt runt, misschien een gespecialiseerde, maar je moet toch alles doen. Discussiëren over wetenschap, coachen, financiering, netwerken, lesgeven, people management. Je moet een manusje-van-alles zijn.”

5. Hoe zou je de sfeer in je groep omschrijven?
   “Op dit moment is de groep erg internationaal, wat de sociale interactie heeft gestimuleerd. Ook al is de inhoud van de projecten behoorlijk verschillend, omdat we een kleine groep zijn, weten we allemaal wat de ander doet en heerst er een echte teamgeest. Het is een groep mensen die gepassioneerd zijn door wetenschap.”

Tekst van Esther Thole.