27 juni – 1 juli 2011, Utrecht

Docenten

dr. Berend Snel
prof. dr. Martijn Huynen
prof. dr. Jaap Heringa
Contactpersoon: dr. Berend Snel, e-mail: b.snel@uu.nl

Locatie

Universiteit Utrecht, Kruytgebouw Paduaan 8 3584 CH Utrecht

Doelgroep

De cursus is bedoeld voor promovendi en masterstudenten in bioinformatica, met name voor degenen die geïnteresseerd zijn in evolutie en/of die verschillende genomische gegevens tussen soorten willen vergelijken. Van deelnemers wordt verwacht dat ze enige praktische ervaring hebben met blast, het construeren van meerdere sequentie-uitlijningen en fylogenetische bomen, en daarnaast enige bekendheid hebben met concepten zoals orthologie, syntenie en proteïnedomeinen.

Beschrijving

Genomische gegevens geven een uitgebreid, maar eendimensionaal en vaak nogal ruisachtig beeld van de cel. Vergelijkende genomica tussen soorten en tussen soorten data vergemakkelijkt het begrip van wat deze data werkelijk weerspiegelen over de onderliggende processen. Vergelijkende genomica is daarbij afhankelijk van een gedegen begrip van basiselementen van bio-informatica zoals homologie, orthologie en overeenkomsten die door toeval ontstaan. Bovendien is het belangrijk om de aannames en heuristiek van bio-informaticamethoden voor vergelijkende genomica te kennen en daarom streven we ernaar om deelnemers inzicht te laten ontwikkelen in waarom ze falen (of verkeerd detecteren) als gevolg van een verscheidenheid aan biologische/evolutionaire oorzaken.

De eerste twee dagen van de cursus vormen een basis voor de cursus met als doel om “verder te gaan dan blast” in termen van gevoeligere homologie-zoekopdrachten, domeinniveau-analyse van proteïne-evolutie en meer gedetailleerde definities van verwantschap zoals kan worden verkregen uit de juiste interpretatie van genbomen (d.w.z. verschillende niveaus van orthologie). Deze basis wordt gebruikt om in de drie volgende dagen drie onderwerpen in meer detail te bespreken: (1) de studie van functionele en evolutionaire gevolgen van (genoom)duplicaties, (2) de evolutie van interacties en complexen en (3) de voorspelling en evolutie van genomische regulerende elementen.

Concept Cursusrooster

Dag 1 Verre homologie en proteïnedomeinen (docent Jaap Heringa)

Onderwerpen en hulpmiddelen: hhsearch, psiblast, pfam, homologie en functie, onontdekte orthologie van het niet detecteren van homologie

Dag 2 Orthologie op kleine schaal en databases op grote schaal (docenten Martijn Huynen, Berend Snel)

Onderwerpen en hulpmiddelen: boomverzoening, relatie tussen homologie en orthologie, ensembl compara, COG’s, inparalogen versus outparalogen, fusie en fissie

Dag 3 Genoomduplicaties (docent Berend Snel)

Onderwerpen en hulpmiddelen: gistgenvolgordebrowser, syntenie, gevolgen van genoomduplicaties, timing van duplicaties, ensembl biomart

Dag 4 Vergelijkende interactionics (docenten Jaap Heringa, Berend Snel)

Onderwerpen en hulpmiddelen: netwerkuitlijning, fylogenetische profielen, biogrid, cytoscape, neofunctionalisatie vs subfunctionalisatie

Dag 5 Prediction and Evolution of Gen Regulation (docent Martijn Huynen)

Onderwerpen & Tools: chip-seq, phylogenetic footprinting, gibbs sampling

Registratie & cursusgeld

U kunt zich voor deze cursus inschrijven door het online registratieformulier in te vullen.

Het maximale aantal deelnemers is 20, dus schrijf u snel in om zeker te zijn van een cursusplaats! Informatie over het cursusgeld vindt u op de inschrijfpagina.

Het bedrag is inclusief:

Cursusmateriaal: Handouts en te bespreken papers worden aan het begin van de cursus uitgedeeld. Software die nodig is voor de labcursus wordt online beschikbaar gesteld.
Catering: Koffie, thee en frisdranken en lunch worden verzorgd.
Op dinsdagmiddag 28 juni worden er borrels georganiseerd in samenwerking met RSG Nederland.
Voor meer informatie over het cursusprogramma kunt u contact opnemen met Celia van Gelder.

Voor meer informatie over de registratie of logistiek kunt u contact opnemen met het NBIC-kantoor.