Samenvatting
“Alleen omdat het in de natuur voorkomt, betekent niet dat het waar is…”

Fouten maken is menselijk, en alle structuurbiologen zijn mensen – daarom zijn ze niet immuun voor het maken van fouten tijdens het bouwen en verfijnen van 3D-modellen [1]. Gelukkig kunnen veel fouten worden gedetecteerd en hersteld vóór publicatie en depositie door gebruik te maken van gezond verstand [1], geschikte protocollen [2] en validatieprocedures [3].

In mijn lezing zal ik bespreken waarom fouten worden gemaakt en waarom sommige van deze fouten blijven bestaan ​​in gepubliceerde en gedeponeerde modellen, en daarom waarom validatie van 3D-structuurmodellen zo belangrijk is. Ik zal beschrijven wat validatie inhoudt (zowel in het algemeen als voor eiwitkristallografie in het bijzonder) en uitleggen waarom sommige validatiecriteria informatiever zijn dan andere [4].

Ik zal ook bespreken hoe de organisaties die de wereldwijde biomacromoleculaire structuurbronnen beheren (wwPDB en EMDataBank) het probleem van validatie aanpakken. Het gebruik van uitgebreide validatieprocedures door deze bronnen zal hopelijk leiden tot minder fouten die onopgemerkt blijven. Bovendien zal informatie over de kwaliteit van PDB- en EMDB-items van onschatbare waarde zijn voor structuurgebruikers, van wie velen geen experts zijn in experimentele structurele biologie [5]. Er blijven echter uitdagingen bestaan ​​voor de validatie-onderzoeksgemeenschap, met name bij het valideren van modellen met een lage resolutie (röntgenstraling, EM, SAXS) en hybride modellen op basis van meerdere heterogene bronnen van zowel experimentele gegevens als aangepaste modellen.

[1] G.J. Kleywegt & T.A. Jones, “Waar vrijheid wordt gegeven, worden vrijheden genomen”, Structure 1995, 3, 535-540.
[2] G.J. Kleywegt & T.A. Jones, “Model-building and refinement practice”, Methods in Enzymology 1997, 277, 208-230.
[3] G.J. Kleywegt, “Validatie van eiwitkristalstructuren”, Acta Crystallographica 2000, D56, 249-265.
[4] G.J. Kleywegt, “On vital aid: the why, what and how of validation”, Acta Crystallographica 2009, D65, 134-139.
[5] S. Velankar & G.J. Kleywegt, “The Protein Data Bank in Europe (PDBe): bringing structure to biology”, Acta Crystallographica 2011, D67, 324-330.

Professionele carrière

PhD, Universiteit Utrecht, 1991. Postdoctoraal onderzoeker, daarna onafhankelijk onderzoeker, Universiteit van Uppsala, 1992-2009. Coördinator, daarna programmadirecteur van het Swedish Structural Biology Network, 1996-2009. Onderzoeker van de Koninklijke Zweedse Academie van Wetenschappen, 2002-2006. Professor Structurele Moleculaire Biologie, Universiteit van Uppsala, 2009. Sinds 2009 bij EMBL-EBI als Senior Team Leader en Hoofd van de Protein Data Bank in Europa.

E-mail: gerard@ebi.ac.uk

Telefoon: +44 – 1223 – 49 26 98 (PA)