Samenvatting
Titel:
Dissecting transcription factor networks using high-throughput sequencing and quantitative genetics

Samenvatting:
In deze lezing zal ik onze recente inspanningen beschrijven om de moleculaire interacties te verduidelijken die ten grondslag liggen aan het gedrag van genregulerende netwerken. Ik zal eerst laten zien hoe deep sequencing van interacties tussen DNaseI en naakt DNA een sterke afhankelijkheid van de splitsingssnelheid van de nucleotidesequentie blootlegt, die gerelateerd kan worden aan de breedte van de kleine groef; een extra, even opvallende afhankelijkheid van de CpG-methyleringsstatus bestaat, waardoor we de methyleringsstatus kunnen voorspellen op basis van in vivo DNaseI-profielen. Vervolgens zal ik laten zien hoe SELEX-seq, een nieuwe methodologie voor het kwantificeren van in vitro-interacties tussen transcriptiefactorcomplexen en DNA, ons in staat stelde te ontdekken dat heterodimerisatie met de cofactor Extradenticle leidt tot grote verschillen in DNA-bindingsspecificiteit tussen Hox-eiwitten die afwezig zijn wanneer deze eiwitten als monomeren binden. Tot slot zal ik demonstreren hoe lineaire modellering van genetische variatie in mRNA-expressieniveaus gecombineerd met eerdere informatie over de DNA-bindingsspecificiteit van transcriptiefactoren kan worden gebruikt om de loci (“aQTL’s”) in kaart te brengen waarvan de allelische variatie hun regulerende activiteit moduleert.

Professionele carrière

Biografie:
Harmen Bussemaker is een tenured Associate Professor in de afdeling Biological Sciences aan de Columbia University en een kernfaculteitslid van het Center for Computational Biology and Bioinformatics (C2B2) van Columbia. Zijn referenties omvatten een Lenfest Distinguished Columbia Faculty Award en een John Simon Guggenheim Foundation Fellowship. Dr. Bussemaker staat bekend om zijn baanbrekende werk gericht op het begrijpen van genregulerende netwerken gebaseerd op de integratie van genoomsequentie, transcriptiefactorbinding en genexpressiegegevens. Lopend onderzoek in het Bussemaker-lab is gericht op het kwantificeren van de DNA-bindingsspecificiteit van transcriptiefactoren met een ongekende resolutie met behulp van high-throughput sequencing gekoppeld aan affiniteitsgebaseerde selectie; celstatusspecifieke veranderingen in de regulerende activiteit van transcriptiefactoren afleiden uit genomewide mRNA-expressieniveaus met behulp van biofysische modellen; natuurlijke genetische variatie benutten om complexe cis-regulerende logica te ontleden; en begrijpen hoe lokale chromatinecontext de invloed van transcriptiefactor op zijn doelgenen moduleert.

Opleiding:

2010 – Zomercursus over gistgenetica en genomica, Cold Spring Harbor Laboratories
1991-1995 – Ph.D. in theoretische fysica, Universiteit Utrecht, Nederland
1986-1991 – M.Sc. in theoretische fysica, Universiteit Utrecht, Nederland
1987-1989 – B.A. in Musicologie, Universiteit Utrecht, Nederland
Werkgelegenheid:

2007 – heden Universitair hoofddocent (vaste aanstelling), Department of Biological Sciences Columbia University, New York, NY, VS
2010-2011 – Sabbatical Visitor, Lewis-Sigler Institute, Princeton University
2009 – Visiting Professor, Nederlands Kanker Instituut, Amsterdam
2001 – Lid, Center for Computational Biology and Bioinformatics Columbia University Medical Center, New York, NY, VS
2001-2007 – Assistent-professor, Department of Biological Sciences Columbia University, New York, NY, VS
1999-2001 – Docent (“Universitair Docent”), Swammerdam Institute for Life Sciences Universiteit van Amsterdam, Nederland
1997-1999 – Postdoctoraal medewerker, Center for Studies in Physics and Biology
The Rockefeller University, New York, NY, VS
1995-1997 – Onderzoeksmedewerker, Institute for Physical Science and Technology
University of Maryland, College Park, MD, VS