Professor dr. Johan T den Dunnen

“We moeten alles wat we weten delen lang voordat we beginnen met het schrijven van een formele publicatie.”

Medical Genomics group / Leiden Genome Technology Centre, Centre for Human and Clinical Genetics, Leids Universitair Medisch Centrum
www.humgen.nl
Groepsgrootte: 45-50

1. ​​Wat is het leidende onderzoeksthema in uw groep?
   “Wij richten ons op erfelijke ziekten en ons werk bestrijkt het hele traject van het bepalen van de genetische oorzaak en het ontwikkelen van een DNA-test voor diagnostische doeleinden tot functionele analyse van de betrokken genen en in het geval van Duchenne spierdystrofie zelfs tot het ontwikkelen van leads voor therapie.”
2. Met welk type groepen of organisaties werkt u het meest samen en waarom?
   “Onze groep is groot en de activiteiten zijn divers, er zijn veel verschillende soorten samenwerkingen. Voor ons werk aan erfelijke spierdystrofieën werken we samen met verschillende internationale groepen die ook aan deze ziekten werken. We hebben samenwerkingen met de industrie voor de toepassing van nieuwe genomische technieken die we ontwikkelen. Niet alleen met farmaceutische bedrijven die geïnteresseerd zijn in medicijnontwikkeling, maar onze technieken worden ook gebruikt door landbouw- en veeteeltbedrijven. Dan zijn er nog samenwerkingen met apparatuurfabrikanten en tot slot nemen we deel aan een aantal internationale initiatieven zoals de Human Genome Variation Society (HGVS) en het Human Variome Project (HVP), die tot doel hebben standaarden vast te stellen voor het indienen en opslaan van gegevens over menselijke genetische variatie en deze breed toegankelijk te maken. Onze Leiden Open-source Variation Database (LOVD) software is een voorbeeld van zo’n standaard die wereldwijd wordt gebruikt.”
3. Wat zijn vanuit jouw onderzoeksperspectief de belangrijkste uitdagingen in de bio-informatica op dit moment?
   “Het is technisch gezien heel gemakkelijk geworden om de DNA-sequentie van een individu uit te lezen, maar dat resulteert in een lijst van ergens tussen de 3,5 en 4 miljoen varianten. Op dit moment moeten we al die varianten één voor één doornemen om te bepalen wat ze betekenen. Dus hoe helpt dit ons om de huidige gezondheidsstatus van een individu te verklaren of om de toekomstige status te voorspellen? Hoe kunnen we conclusies trekken uit deze gegevens? Dat vereist twee belangrijke veranderingen. Ten eerste moeten we onze houding veranderen van het voor onszelf houden van gegevens naar het delen van alles wat we weten lang voordat we beginnen met het schrijven van een formele publicatie. Ten tweede moeten we een grote sprong maken in het verbeteren van softwarematige voorspelling van de fenotypische uitkomsten van een variant en vooral van combinaties van varianten.”
4. Wat is de belangrijkste taak van een groepsleider?
   “Naast het zorgen dat alle benodigde faciliteiten aanwezig zijn, vind ik het belangrijk om kritische vragen te stellen en als ideeëngenerator op te treden. Denk mee met individuele projecten en gebruik je ervaring en bredere blik om toepassingen, samenwerkingen en theorieën te bedenken die het onderzoek verder kunnen brengen. Daarnaast probeer ik de bioinformatici in mijn groep te verleiden om na te denken over het resultaat dat ze van een experiment verwachten, zodat ze gedwongen worden om te overwegen of hun resultaten zinvol zijn. Ik heb het gevoel dat zo’n kritisch perspectief soms ontbreekt bij bioinformatici.”
5. Waar zie je ruimte voor verbetering binnen jouw groep?
   “Onze groep is erg groot en erg divers, dus het is belangrijk om het contact tussen de groepsleden actief te stimuleren. De interactie tussen de bioinformatici aan de ene kant en de biologen en biomedische onderzoekers aan de andere kant kan beter. Het is belangrijk om mensen te mixen, maar ik heb geen eenduidige oplossing hoe we dat moeten bereiken. Wat ik probeer te doen, is om beide kanten elkaars problemen te laten begrijpen. Wat niet helpt, is de dynamiek van een onderzoeksgroep; er is een continue stroom van mensen. En het is nog steeds moeilijk om de goede bioinformatici te behouden.”