Judith Boer, PhD, universitair docent

Laboratorium voor kinderoncologie/hematologie, Erasmus Medisch Centrum, Sophia Kinderziekenhuis, Rotterdam
Centrum voor humane en klinische genetica, Leids Universitair Medisch Centrum

www.nbic.nl/about-nbic/nbic-faculty/pages1/1/details/dr-judith-m-boer/

1. Wat is het leidende onderzoeksthema in uw groep?
   “Ik ben een ’embedded’ bioinformaticus in de translationele moleculaire onderzoeksgroep onder leiding van Dr. Monique den Boer. Onze groep werkt aan kinderleukemieën en met name aan het identificeren van moleculaire markers die kunnen worden gebruikt bij de diagnose om het specifieke subtype van leukemie vast te stellen of om klinische uitkomsten bij patiënten te voorspellen. Mijn werk richt zich op het ontwikkelen en implementeren van slimme modellen die integratie van gegevens op verschillende biologische niveaus mogelijk maken. We kijken verder dan genexpressiegegevens en hebben naast genexpressieprofielen van patiënten toegang tot kopie-aantalgegevens, microRNA-profielen en proteïneprofielen. Het integreren van al deze gegevens om de biologie van de ziekte beter te begrijpen en betere classificatoren te ontwikkelen, is het hoofddoel.”
2. Met welk type groepen of organisaties werkt u het meest samen en waarom?
   “Eén dag in de week werk ik bij het LUMC en werk ik samen met de groep van Renée de Menezes van het VUmc en met de groep van Lodewyk Wessels van het NKI aan methode- en modelontwikkeling en implementatie. Via mijn Leidse connectie ben ik ook betrokken bij verschillende biologische projecten die niet gericht zijn op leukemie. Over het algemeen zijn er via NBIC veel verschillende samenwerkingen ontstaan ​​op verschillende onderwerpen. Maar ook aan onderwijsactiviteiten, bijvoorbeeld een cursus over expressieanalyse voor biologen, die ik ongeveer 12 jaar geleden ben begonnen. Ik probeer biologen zoveel mogelijk met hun data te laten werken, het helpt ze echt om meer uit hun data te halen, wat ze uiteindelijk het beste weten.”
3. Wat zijn vanuit jouw onderzoeksperspectief de belangrijkste uitdagingen in de bioinformatica op dit moment?
   “Als ik naar mijn eigen werk kijk, hebben mijn grootste uitdagingen betrekking op vrij alledaagse kwesties, zoals de verschillende manieren waarop patiëntgegevens hier worden vastgelegd en opgeslagen. Het op orde krijgen van eenvoudige dingen zoals unieke identificatiegegevens voor elke patiënt vergt veel discussie, organisatie en overtuiging. En dan hebben we het nog niet eens over de moleculaire informatie, laat staan ​​het downstreamprobleem van analyse en interpretatie. Er moet al veel werk worden verzet voordat je je kunt gaan concentreren op de problemen met betrekking tot de daadwerkelijke integratie van de gegevens.”
4. Wat is de belangrijkste taak van een groepsleider?
   “Op dit moment ben ik niet de leider van een groep, maar ik werk in verschillende projecten waarin ik vooral als tolk optreed om de werelden van de clinici en biologen aan de ene kant en de biostatistici en bioinformatici aan de andere kant te overbruggen. Mijn belangrijkste rol is om snel te bepalen wat belangrijk is voor beide kanten en waar de kansen voor vooruitgang liggen.”
5. Hoe zou je de sfeer in je groep omschrijven?
   “In de projectteams waar ik mee werk, is de sfeer erg positief. Ik heb bioinformatici altijd erg enthousiast gevonden en bereid om hun methoden uit te leggen en toe te passen op nieuwe datasets. Biologen hebben soms wat meer overtuiging nodig om een ​​nieuwe aanpak te kiezen en een nieuwe methode te proberen, maar dat is ook onderdeel van mijn rol in deze projecten.”

Tekst van Esther Thole.