Op dit moment is er veel aandacht voor hoe biologische data gerepresenteerd en geïntegreerd kan worden. Tegelijkertijd werkt bioinformatica aan nieuwe manieren om met dergelijke data te redeneren en deze te ondervragen.

De interface tussen datarepresentaties en redeneeroplossingen is vaak problematisch. Het is een kloof die bioinformatici keer op keer moeten overbruggen om hun werk te kunnen doen. Dit roept vragen op zoals: Hoe moeten we onze data representeren om eenvoudig en schaalbaar redeneren mogelijk te maken? Welke soorten redeneringen kunnen en/of moeten ondersteund worden door dataopslag om te voldoen aan de behoeften van bioinformatica? Hoe moeten we redeneertaken aanpakken in het licht van heterogene datarepresentaties of datalocaties?

Tijdens deze hot-topic bijeenkomst bespreken we graag verschillende benaderingen die de werelden van datarepresentatie en dataredenering samenbrengen, in de context van bioinformatica.

Trefwoorden: data, representatie, redeneren, querytaal, datastructuur, integratie

Programma 3 december

12:30-12:35 Welkom – Marc van Driel
12:35-13:10 Lunch
13:10-14:00 Webstandaarden gebruiken voor kennisrepresentatie en logisch redeneren
Paul Groth, Universiteit van Amsterdam
14:00-14:50 Probabilistische databases voor redeneren met grote volumes inconsistente
of inconclusieve bewijzen
Maurice van Keulen, Universiteit Twente
15:50-15:00 Theepauze
15:00-15:50 SciQL – De kloof tussen wetenschap en relationele DBMS overbruggen
Ying Zhang, Centrum voor Wiskunde (CWI)
15:50-16:40 Ibidas: flexibele datastructuren bevragen ter ondersteuning van data-analysetaken
Marc Hulsman, Technische Universiteit Delft
16:40-17:15 Algemene discussie & Sluiting

Locatie

SURFfoundation, Hojel City Center, gebouw D (5e verdieping), Graadt van Roggenweg 340, 3531 AH Utrecht, (max. 25 deelnemers) – Website/route

Over HotTopics

NBIC HotTopics zijn een nieuwe reeks NBIC-bijeenkomsten die wetenschappers samenbrengen om concepten en methoden te bespreken over een hot topic in hun onderzoeksveld. Het moet een platform bieden om in contact te blijven met collega’s in het veld en het delen van nieuwe inzichten, toepassingen en samenwerkingen te bevorderen. Het doel van de bijeenkomst is daarom niet om de nieuwste resultaten van je eigen werk te presenteren, maar om nieuwe trends en doorbraken in het veld in het algemeen te identificeren.

Vier wetenschappers geven een lezing van 20 minuten, gevolgd door 40 minuten discussie over de belangrijke computationele concepten:

Wat probeert een methode te bereiken?
Welke aannames zijn er gedaan?
Hoe verhoudt deze methode zich tot soortgelijke methoden?
Wat zijn de sterke en zwakke punten en valkuilen?
Kunnen we het op andere gebieden toepassen?
Wat zijn de beperkingen en uitdagingen voor nieuwe toepassingen en ontwikkelingen?
Flip over, beamer en laptop zijn beschikbaar.

Registratie

Meld u aan voor deze bijeenkomst via het registratieformulier

Organiserend Comité

Dr. Marc Hulsman – TU-Delft
Dr. Marc van Driel – Netherlands Bioinformatics Centre (NBIC)
(telefoon: +31 6 24448612 / +31 24 3613306)