Historisch gezien is onze perceptie en definitie van virussen geëvolueerd met de ontwikkeling van nieuwe technologieën. Momenteel definieert het genomische tijdperk het virale universum door genotypen in een steeds sneller tempo te karakteriseren, maar vaak zonder geassocieerd fenotype en/of fysieke entiteit. De modernste taxonomische classificatie herkent slechts enkele duizenden virale soorten, waarvan een groot deel mensen infecteert. Deze aantallen staan ​​in schril contrast met de diversiteit van de cellulaire organismen waarvan deze virussen afhankelijk zijn voor hun replicatie.

Tijdens deze NBIC HotTopics-bijeenkomst over virusdetectie bespreken we hoe we bioinformatische benaderingen kunnen gebruiken om nieuwe virussen te ontdekken, classificeren en karakteriseren. We zullen het hebben over metagenomics, inclusief de beloften en valkuilen van verschillende experimentele opstellingen en analysepijplijnen. Vragen die we zullen behandelen (maar niet noodzakelijkerwijs beantwoorden!) zijn onder meer: ​​Wanneer kunnen we tevreden zijn dat we een nieuw viraal genoom hebben geïdentificeerd? Hoe kunnen we ervoor zorgen dat NGS-sequencing reads van verschillende genomen niet in één “chimere” contig terechtkomen, met name in het licht van de relatief hoge recombinatiepercentages in virale genomen? Hoe kunnen we de functies van virale genen annoteren of begrijpen, die notoir divergent zijn en vaak geen betrouwbare hits opleveren in referentiedatabasezoekopdrachten? Hoe bepalen we de rol van een nieuw ontdekt virus in processen van hogere orde? Veroorzaakt het bijvoorbeeld ziekte of speelt het een rol in het ecosysteem?

Programma 13 januari
12:30 – 12:35 Welkom – Bas Dutilh
12:35 – 13:00 Lunch
13:00 – 13:50 Hoeveel virussen kennen we en weten we niet
Sasha Gorbalenya, LUMC
13:50 – 14:40 De novo virus discovery using metagenomics
Anita Schürch, Erasmus MC
14:40 – 14:50 Theepauze
14:50 – 15:40 Virale sequentie annoteren/karakteriseren: is het echt
of assembleren we chimaera’s?
Bas E Dutilh, Radboud Universiteit Nijmegen (CMBI)
15:40 – 16:30 Kunnen we de betrokkenheid van virussen bij processen bewijzen?
van sequentie naar fenotype/ecologie
Corina Brussaard, NIOZ
16:30 – 17:00 Algemene discussie & afsluiting

Locatie

Hogeschool Domstad, Koningsbergerstraat 9, Utrecht, (max. 25 deelnemers) – Website/route

Over HotTopics
NBIC HotTopics zijn een nieuwe reeks NBIC-bijeenkomsten die wetenschappers samenbrengen om de concepten en methoden te bespreken over een hot topic in hun onderzoeksveld. Het moet een platform bieden om in contact te blijven met collega’s in het veld en het delen van nieuwe inzichten, toepassingen en samenwerkingen te bevorderen. Het doel van de bijeenkomst is daarom niet om de nieuwste resultaten van uw eigen werk te presenteren, maar om nieuwe trends en doorbraken in het veld in het algemeen te identificeren.

Vier wetenschappers geven een lezing van 20 minuten, gevolgd door 40 minuten discussie over de belangrijke computationele concepten:

Wat probeert een methode te bereiken?
Welke aannames zijn gedaan?
Hoe verhoudt deze methode zich tot soortgelijke methoden?
Wat zijn de sterke en zwakke punten en valkuilen?
Kunnen we het ook op andere gebieden toepassen?
Wat zijn de beperkingen en uitdagingen voor nieuwe toepassingen en ontwikkelingen?
Flipover, beamer en laptop zijn beschikbaar.

Registratie

Registratie is geopend. Meld u aan via het registratieformulier.

Organiserend comité
Dr. Bas Dutilh – Radboud Universitair Medisch Centrum (CMBI)
Dr. Arno Andeweg – Erasmus MC
Prof. dr. Alexander Gorbalenya – LUMC