Synthetische biologie is: (i) het ontwerp en de constructie van nieuwe biologische onderdelen, apparaten en systemen, en (ii) het herontwerpen van bestaande, natuurlijke biologische systemen voor nuttige doeleinden. Het past ook techniek toe op biologie. Dit betekent dat het de ‘ontwerp – bouw – test’-engineeringcyclus toepast om te werken aan bestaande en nieuwe biologische toepassingen in voedsel, veevoer, farma, brandstoffen, maar ook biobased materialen, sensoren en nieuwe toepassingen.

Bioinformatica speelt een essentiële rol in de ‘ontwerp’-fase en draagt ​​bij door: op kennis gebaseerde systemen, begrip van genoomstructuren en de elementen ervan, computerondersteunde ontwerpplatforms, op biobricks gebaseerde constructie. In de ‘test’- of analysefase is er behoefte aan het verwerken van nieuwe soorten gegevens in steeds grotere hoeveelheden, zoals (her)sequencing van gegevens en allerlei omics-platforms. Een om alles te integreren, modellen van metabolisme, regulatie, cellulaire functies en meer – vaak aangeduid als systeembiologie.

Tijdens deze HotTopics-bijeenkomst bespreken we een aantal bioinformatica-uitdagingen die voortkomen uit synthetische biologie:

trends in synthetische biologie – aangestuurd door gensynthese en genoomsequentiebepaling
om (meta)genomen te minen naar interessante genen en paden, en dergelijke systemen te refactoren om te functioneren in verschillende hosts, bekend als metabolische engineering
om volledig nieuwe functionaliteit te ontwerpen en te creëren binnen en tussen cellen
combinatorisch ontwerp van multidomeinproteïnen voor nieuwe antibiotica
computerondersteund ontwerpplatform en biobricks voor microbiële stamengineering
Het doel is om belangrijke kwesties en mogelijke onderzoeksrichtingen te identificeren die ontstaan ​​naarmate we van het begrijpen van biologie overgaan op het ontwerpen ervan.

Trefwoorden: synthetische biologie, bioinformatica, microbiële genomica, iGEM

Programma 15 oktober
12:30 – 12:35 Welkom – Marc van Driel
12:35 – 13:10 Lunch
13:10 – 14:00 Synthetische biologie: herprogrammeren van cellulair gedrag
Vitor dos Santos, WUR Wageningen
14:00 – 14:50 Computerondersteund ontwerpplatform voor microbiële stamengineering
Hans Roubos, DSM
14:50 – 15:05 3DM-eiwitengineering superfamiliesystemen en slim mutantbibliotheekontwerp
Henk-Jan Joosten, BioProdict
15:05 – 15:15 Theepauze
15:15 – 16:05 Genen en paden optimaliseren
Dick de Ridder, TUDelft
16:05 – 16:55 Computationele benaderingen voor het ontwerp en de implementatie
van biosynthetische paden in microbiële celfabrieken
Eriko Takano, Marnix Medema, Rijksuniversiteit Groningen
16:55 – 17:15 Algemene discussie & afsluiting

Locatie
SURFfoundation, Hojel City Center, gebouw D (5e verdieping), Graadt van Roggenweg 340, 3531 AH Utrecht, (max. 25 deelnemers) – Website/route

Over HotTopics

NBIC HotTopics zijn een nieuwe reeks NBIC-bijeenkomsten die wetenschappers samenbrengen om concepten en methoden te bespreken over een hot topic in hun onderzoeksveld. Het moet een platform bieden om in contact te blijven met collega’s in het veld en het delen van nieuwe inzichten, toepassingen en samenwerkingen te bevorderen. Het doel van de bijeenkomst is daarom niet om de nieuwste resultaten van je eigen werk te presenteren, maar om nieuwe trends en doorbraken in het veld in het algemeen te identificeren.

Vier wetenschappers geven een lezing van 20 minuten, gevolgd door 40 minuten discussie over de belangrijke computationele concepten:

Wat probeert een methode te bereiken?
Welke aannames zijn gedaan?
Hoe verhoudt deze methode zich tot vergelijkbare methoden?
Wat zijn de sterke en zwakke punten en valkuilen?
Kunnen we het ook op andere gebieden toepassen?
Wat zijn de beperkingen en uitdagingen voor nieuwe toepassingen en ontwikkelingen?
Flipover, beamer en laptop zijn beschikbaar.

Registratie
Meld u aan voor deze bijeenkomst via het registratieformulier

Organiserend comité
Dr. Dick de Ridder – TU-Delft
Dr. Hans Roubos – DSM
Dr. Marc van Driel – Netherlands Bioinformatics Centre (NBIC)
(telefoon: +31 6 24448612 / +31 24 3613306)