algemene informatie

Volgende gelegenheid: begin 2014
Locatie: Wageningen, Nederland
Organisator: WUR, LUMC & NBIC
Coördinatoren: Gabino Sanchez-Perez (WUR), Johan den Dunnen (LUMC), Hendrik-Jan Megens (WUR), Patrick Koks (WUR & NBIC)
Dit is de cursuswebsite met alle algemene informatie over deze cursus. Deze wordt bijgewerkt wanneer er meer informatie beschikbaar is. Onderaan deze pagina vindt u meer informatie over eerdere edities, cursusmateriaal, reisroutes, etc.
Aanmelding voor deze cursus is mogelijk via het aanmeldingsformulier, waar specifieke informatie over de editie van dit jaar beschikbaar is.

Overzicht

Voor meer informatie over de aanmelding of logistiek kunt u contact opnemen met Patrick Koks.

Een datum voor de editie van 2014 is nog niet vastgesteld.
Raadpleeg het voorinschrijvingsformulier om uw naam bij ons achter te laten als u geïnteresseerd bent in het volgen van deze cursus of als u meer informatie wilt ontvangen zodra deze beschikbaar is.

De cursus de novo Assembly from NGS data wordt voor het eerst georganiseerd door NBIC, LUMC en WUR in januari 2013. De cursus is gericht op PhD-studenten en PostDocs in Life Sciences of Bioinformatics met ervaring in Next Generation Sequencing-technieken en data-analyse. We behandelen onderwerpen als sampling en statistiek, het gebruik van short- of long-read sequences, mate-pairs en het hebben van een (verregaand) referentiegenoom of niet; kwaliteitsborging; de keuze van assembler, data coverage. Gap closing, functionele annotatie en verschillende andere geavanceerde aspecten van de novo assembly zullen deze cursus afronden. Ongeveer de helft van de cursus wordt besteed aan praktische workshops waarin u leert hoe u zelf een (kleine) assembly kunt uitvoeren. Het doel van deze cursus is dat u leert hoe u sequentiedata kunt omzetten in zinvolle biologie.

Doelgroep

Deze praktische cursus is gericht op PhD’s en onderzoekers met ervaring in genomics of NGS data-analyse. Van deelnemers wordt verwacht dat ze ervaring hebben met NGS data-analyse of de cursus NGS data-analyse hebben gevolgd.

Cursusbeschrijving

De geavanceerde NGS de novo assembly cursus bouwt voort op de Next-generation Sequencing cursus. De novo assembly van (korte lees) NGS data is uitdagend en vereist mogelijk op maat gemaakte benaderingen voor verschillende complexe genomen zoals die van polyploïde planten.

Ongeveer de helft van de cursus is gewijd aan theorie en algoritmen voor de novo assembly op high throughput sequencing data en de andere helft aan praktische workshops waar u leert over de software-implementaties hiervan en verschillende stappen van genoomassemblage uitvoert met behulp van echte data.

Na een korte introductie in NGS-technieken en -platforms, behandelt deze cursus onderwerpen zoals: Sequencingstrategieën met behulp van korte- of lange-leessequenties, paired-end en mate-pairs en het hebben van een (op afstand gerelateerd) referentiegenoom of niet. Elementaire stappen zoals kwaliteitsborging en leesfiltering zijn essentieel en veel van uw resultaten zijn afhankelijk van de verstandige keuze van het juiste algoritme en assembler met uw specifieke type data, datadekking en genoom. Het dichten van de gaten en het afronden van strategieën, de novo transcriptomics, functionele annotatie en vergelijkende genomica sluiten deze cursus af.

Welk type reads (platform) heb ik nodig?
Welke sequentiediepte heb ik nodig? Gebruik van mate-pairbibliotheken?
De novo assembly of gebruik van een (op afstand gerelateerd) referentiegenoom?
Werken met een assembly-pijplijn of met afzonderlijke opdrachtregeltools?
Beperkingen van huidige platforms en kansen voor de nabije toekomst?
Hoe bepaal ik de kwaliteit van een assembly?
Strategieën voor full-sized genoomassemblage en complexe gevallen?

pre-registratie

De registratie voor deze cursus is nog niet geopend. Een pre-registratieformulier is beschikbaar op: www.nbic.nl/?id=preregister.

Door uw naam en e-mailadres en de cursus die u wilt volgen achter te laten, helpt u ons bij het plannen, organiseren en ontwikkelen van de optimale cursussen en cursusportfolio voor bioinformatica en life sciences.

College-aantekeningen (slides) van de de novo Assembly Course 2013 in Wageningen

Creative Commons-licentie
NBIC Advanced NGS Courses van Netherlands Bioinformatics Centre vallen onder een Creative Commons Naamsvermelding-Niet-commercieel-Gelijk delen 3.0 Unported-licentie. Gebaseerd op een werk bij NBIC.