algemene informatie

Volgende gelegenheid: 31 maart – 2 april 2014 – inschrijven
Locatie: Nijmegen, Nederland
Organisator: CMBI & NBIC
Coördinatoren: Sacha van Hijum (Radboudumc/NIZO food research), Bas Dutilh (Radboudumc/CMBI), Celia van Gelder (NBIC)
Informatie over de editie 2014 van de cursus metagenomics vindt u op de website van BioSB

Hieronder vindt u informatie over de editie 2013 van de cursus metagenomics. U vindt hier het programma en slides van de meeste lezingen.

Specifieke informatie over de editie 2013 van de cursus is hier beschikbaar.

Overzicht

De cursus Metagenomics wordt voor het eerst georganiseerd in 2013 en omvat Metagenomics en metatranscriptomics van prokaryoten, eukaryoten en virussen. Onderwerpen zijn metagenomics-specifieke kwesties zoals taxa aanroepen, functionele annotatie, metagenoomassemblage en vergelijkende metagenomics. Deze gevorderde cursus is gericht op PhD-studenten en onderzoekers. Deelnemers worden uitgenodigd om hun eigen onderzoeksvragen in te dienen. Tegen het einde van de cursus worden de resterende vragen die specifiek zijn voor uw onderzoek met de groep besproken.

Docenten

Sacha van Hijum (NIZO food Research, CMBI)
Bas Dutilh (CMBI)
Johan den Dunnen (LUMC)
Willem de Vos (Wageningen University)
Harro Timmerman (NIZO food research)
Jos Boekhorst (NIZO food research)
Jeroen Laros (LUMC)
Victor de Jager (CMBI, Wageningen University)
Rutger Vos (Naturalis Biodiversity Center)
Jeroen Laros (LUMC)
Martijn Vermaat (LUMC)
Intawat Nookaew (Chalmers, Zweden)

Doelgroep

Deelnemers aan de NBIC Advanced NGS-cursussen dienen bij voorkeur te hebben deelgenomen aan de algemene NGS-data-analysecursus of anderszins aantoonbare praktische ervaring te hebben met NGS-data-analyse. De cursus is bedoeld voor promovendi en postdocs of onderzoekers met een vergelijkbaar niveau, maar wetenschappelijke programmeurs en data-analisten met een achtergrond in biologie en bio-informatica mogen ook deelnemen.

Cursusbeschrijving

Metagenomics is een van de (vele) toepassingen van moderne (Next-Gen) sequentietechnologieën, ook wel environmental genomics genoemd. Metagenomics is per definitie het proces van directe sequentiebepaling van het DNA van een milieumonster, d.w.z. van een hele microbiële gemeenschap zoals die in de natuur voorkomt, waarbij de noodzaak van kweektechnieken wordt omzeild.

Deze cursus helpt deelnemers bij het beantwoorden van vragen zoals:

Voor welk type vragen kan metagenomics helpen?
Wat zijn mogelijke benaderingen van metagenomics?
Hoe kunnen omgevingsomstandigheden en -veranderingen worden bewaakt en voorspeld?
Biologische inzichten, fylogenetische diversiteit.
Onderzoek naar genen/operons voor enzymen en natuurlijke producten.
Er doen zich veel obstakels voor bij de analyse en samenstelling van environmental genomics-records, waaronder korte sequentielezingen, hoge soortencomplexiteit in monsters en de beschikbaarheid van gespecialiseerde software voor microbiële genomics-analyse.

Tot de vele onderwerpen in metagenomics die in deze cursus worden behandeld, behoren:
experimentele benaderingen; sequentietechnologieën; platforms en platformspecifieke problemen; methodologieën; monsterbereiding; QC-rapporten en kwaliteitscontroles; mapping sequence reads; taxonomische annotatie; functionele annotatie en functiebepaling; voorspelling van onbekende genen; vergelijkende metagenomics; amplicon-sequencing; shotgun metatranscriptomics; taxa aanroepen; metagenoomassemblage; evaluatie; visualisatie en rapportage van resultaten; tools en algoritmen; 16S-profilering; databases; mapability; k-mer-profilering; cross-assembly; QIIME; MG-RAST; iPath.

College-aantekening (slides), workshop en deelnemerspresentatie van de metagenomics-cursus van 2013 in Leiden

NBIC Advanced NGS Courses van het Netherlands Bioinformatics Centre vallen onder een Creative Commons Naamsvermelding-NietCommercieel-GelijkDelen 3.0 Unported-licentie. Gebaseerd op een werk bij NBIC.