Algemene informatie

Volgende gelegenheid: 30 oktober – 1 november 2013
Trefwoorden: Next-generation sequencing, NGS, data-analyse, RNA-seq, transcriptoom
Locatie: Pieter de la Courtgebouw, Wassenaarsweg 52, Leiden, Nederland
Organisator: LUMC & NBIC
Coördinatoren: Peter-Bram ‘t Hoen (LUMC), Celia van Gelder (NBIC), Marieke Simonis (UU)

Deze editie van de RNA-seq cursus (Leiden 2013) is vol!

Beschrijving

NBIC en partner LUMC organiseren een 3-daagse cursus over RNA-seq data-analyse van 30 oktober – 1 november 2013. Dit is een expertcursus voor mensen met ervaring in NGS en een vervolgcursus op de algemene NBIC NGS data-analyse cursus (die van 28-30 augustus 2013 in Rotterdam wordt gegeven). De cursus bestaat uit seminars en praktische opdrachten voor de opdrachtregel, Galaxy en R en richt zich op data preprocessing, kwaliteitscontrole, uitlijning, visualisatie en statistieken voor differentiële transcriptexpressie. Voorbeelden worden gehaald uit studies met mensen en muizen. De cursus behandelt geen prokaryotische RNA-profilering of plant- en metagenomica-aspecten.

Cursusonderwerpen

RNA-seq experimentele benaderingen
Uitlijning en de novo-assemblage
Statistieken voor differentiële genexpressie
eQTL-analyse en allelspecifieke expressie
Variant calling en RNA-bewerking
Small RNA-profilering
Software voor RNA-seq-data-analyse

Doelgroep

Deelnemers aan de RNA-seq-cursus dienen bij voorkeur te hebben deelgenomen aan de algemene NGS-cursus of anderszins praktische ervaring te hebben met NGS-data-analyse. De cursus is bedoeld voor PhD-studenten en postdocs, maar wetenschappelijke programmeurs en data-analisten met een achtergrond in biologie en bio-informatica kunnen ook deelnemen. We zullen voornamelijk gebruikmaken van opdrachtregeltools in de cursus. Van deelnemers wordt verwacht dat ze zich vertrouwd maken met de opdrachtregel en met R voordat de cursus begint. Instructiemateriaal wordt vooraf verzonden. Registraties worden behandeld op basis van wie het eerst komt, het eerst maalt, maar ervaring en motivatie worden beoordeeld. Er zijn plaatsen gereserveerd voor deelnemers aan het door FP7 gefinancierde project RD-Connect en Marie Curie European Training Network TranCYST.

Registratie gesloten

Meer informatie vindt u op de inschrijfpagina.

De registratie voor deze cursus is gesloten.

College-aantekeningen (slides) van de 2012 RNA-seq data-analysecursus in NIjmegen

Genomic Resequencing advanced NGS-cursuslezingen van NBIC vallen onder een Creative Commons Naamsvermelding-NietCommercieel-GeenAfgeleideWerken 3.0 Niet-geporteerde licentie. Gebaseerd op een werk bij NBIC.