Dit was een besloten bijeenkomst die alleen toegankelijk was voor mensen die werken in een NBIC-partnerorganisatie. Het doel van deze bijeenkomst was om de onderzoekers die betrokken zijn bij de NBIC-programma’s samen te brengen, informatie uit te wisselen tussen projecten, open discussie te voeren en elkaar te leren kennen.

Alle deelnemers werd gevraagd een geheimhoudingsverklaring te ondertekenen. Vanwege IP-regelgeving zullen de bestanden van de presentaties niet online beschikbaar zijn.

Programma, 29 maart

Opening door Prof. dr. Antoine van Kampen (voorzitter dag 1)

Parallelsessie 1, thema: Sequencing
Victor de Jager (NBIC)
Biodiversiteit, functionele analyse en dynamiek van een complex microbieel consortium dat voornamelijk melkzuurbacteriën bevat.

Christian Gilissen (Humane Genetica, UMC St. Radboud Nijmegen)
Mutatieprioritering voor next-generation sequencing
Bas Dutilh, (CMBI, UMC St. Radboud Nijmegen)
Vergroten van de dekking van een metapopulatieconsensusgenoom door iteratieve read mapping en assembly
Yanju Zhang (Universiteit Leiden)
Vergelijking en integratie van targetvoorspellingsalgoritmen voor microRNA-studies

Parallelsessie 2, thema: Proteomics & Structures
Morris Swertz (Universitair Medisch Centrum Groningen)
Op weg naar een op MOLGENIS gebaseerd data-analysekader voor proteomics
Hanka Venselaar (CMBI, UMC St. Radboud Nijmegen)
Project HOPE: Het laatste puzzelstukje leveren…. Robbie Joosten (NKI – AVL)
Voorbereiding van de PDB voor structurele bioinformatica bij wARP 7.1
Rene Pool (Centrum voor Integratieve Bioinformatica VU (IBIVU))
Modelleren van de effectieve interactie tussen eiwitten – een grofkorrelige benadering

Koffie & thee & postersessie

Parallelle projectpresentaties, gebaseerd op inzending van abstracts:

Parallelle sessie 3, thema: Sequentieannotatie
Jumamurat Bayjanov (CMBI, UMC St. Radboud Nijmegen)
Gen-kenmerkmatching in Lactococcus lactis-stammen
Bernd Brandt (Vrije Universiteit Amsterdam)
Multi-Harmony: functionele specificiteit detecteren uit sequentie-uitlijning
Marnix Medema (Rijksuniversiteit Groningen)
Genoomsequentiebepaling van Streptomyces clavuligerus ATCC 27064 onthult een lineaire megaplasmide vol met secundaire metabolietgenclusters

Parallelsessie 4, Thema: Text Mining
Peter-Bram ‘t Hoen (Leiden University Medical Center)
Een nieuw statistisch raamwerk voor de interpretatie van genexpressiegegevens op basis van wetenschappelijke literatuur
Herman van Haagen (Leiden University Medical Center)
Voorspellen van ziekteveroorzakende genen via impliciete links in tekstuele en niet-tekstuele informatie
Ernest van Ophuizen (Wageningen University)
Anatomische ontologieën matchen; UMLS, FMA-OBO en WordNet evalueren als referenties

Lunch & postersessie

Parallelle workshops:
Workshop 1: Kwaliteit van softwarecode
Workshop 2: Slim werken en tijd besparen (pdf-bestand 7,3 MB)
Workshop 3: Wetenschap vertalen naar het grote publiek

Koffie- & theepauze & postersessie

Parallelle projectpresentaties, gebaseerd op inzending van abstracts:

Parallelle sessie 5, Thema: Netwerken & paden
Philip Lijnzaad (UMC Utrecht)
Mechanismen van redundantie en connectiviteit van signaalpaden: modules voor combinatorische controle
Miranda Stobbe (AMC Amsterdam)
Integratie van menselijke metabole paddatabases: een kritische beoordeling
Willem Ligtenberg (Technische Universiteit Eindhoven)
Reverse Engineering van genregulatienetwerken door dubbele drempelwaarde
Yiannis Kourmpetis (Wageningen University & Research Center)
Computationele voorspelling van eiwitfunctie in Arabidopsis thaliana door integratie van netwerk- en sequentiegegevens

Parallelsessie 6, thema: Systems Bioinformatics
Hannes Hettling (Vrije Universiteit Amsterdam)
Schatting van het belang van de “Photophocreatine shuttl” in de hartspier door multiscale ‘slordige’ modellering
Anand Gavai (Vrije Universiteit Amsterdam)
BiGGR – Flux Distribution Analysis: een open source-pakket voor op beperkingen gebaseerde metabolische netwerkmodellering in R
Kuan Yan (Leiden Institute of Advanced Computer Science (LIACS))
Kwantificering en functieanalyse van extracellulaire matrixdynamiek met behulp van high-throughput time-lapse-beeldsequentie in cytometriestudie
Han Rauwerda (Universiteit van Amsterdam)
Integratie van genoom- en transcriptoombronnen voor microarrayontwerp; het zebravisvoorbeeld

Drankjes, postersessie en conferentiediner

Uitreiking van prijzen voor beste lezing en beste poster

NBIC Cafe