4 november 2013 – 8 november 2013, CMBI, NCMLS, Nijmegen, Nederland

Docenten

Gert Vriend, CMBI, cursuscoördinator, g.vriend@cmbi.ru.nl
Daniel Hoffmann, Universiteit Duisburg/Essen (TBC)
Robbie Joosten, Nederlands Kanker Instituut
Hanka Venselaar, CMBI

Locatie

Centrum voor Moleculaire en Biomoleculaire Informatica (CMBI), Radboud Universiteit Nijmegen-Medisch Centrum /NCMLS, Nijmegen, Nederland

Doelgroep

De cursus is geschikt voor zowel promovendi die werken in structurele bioinformatica als voor promovendi in de life sciences die meer willen leren over het gebruik van structurele informatie in hun onderzoek. Het cursusschema is geschikt voor beide groepen, parallelsessies voor beide groepen worden indien nodig ingepland.

Studielast

3 EC

Cursusbeschrijving

In de juiste handen zijn eiwitstructuren een ‘krachtig’ hulpmiddel om biomoleculaire vragen te beantwoorden. Kennis van de structuur is een vereiste voor rationeel medicijnontwerp, voor biotechnologie, voor chemische biologie en voor het beantwoorden van een hele reeks biomedische vragen. In deze cursus bespreken we de ‘productie’ van eiwitstructuren door NMR-, röntgen- en homologiemodellering. Deze methoden hebben allemaal hun voor- en nadelen, dus er is een zekere ‘bekwaamheid’ nodig om alle ‘beloften’ na te komen en biomedische ‘problemen’ aan te pakken met behulp van eiwitstructuren.

De cursus wordt opgesplitst in drie delen.

Deel 1) Dingen in eiwitstructuren bekijken en zien, leren de software te bedienen, enkele algoritmen begrijpen.
Deel 2) Eiwitstructuurbepaling (voorspelling) met NMR-, röntgen- en homologiemodellering, en de mogelijkheden en problemen die bij elk van deze drie technieken horen.
Deel 3) Alles wat is geleerd toepassen in praktijkvoorbeeldstudies.
Voorbeelden van vragen die u kunt beantwoorden na het volgen van de cursus:

Waarom is iemand met deze mutatie ziek? Of met andere woorden, hoe veroorzaakt het moleculaire fenotype een ziektetoestand?
Dit enzym zet mannose om. Kan ik de specificiteit ervan breder maken?
Dit enzym functioneert niet in mijn in vitro-test. Moet ik wat ionen toevoegen?
Ik wil een tag toevoegen aan mijn enzym, moet ik deze op de N-terminus, de C-terminus zetten of is er iets anders nodig?
Deze receptor bindt een ligand, maar als ik naar de structuur kijk, past die ligand helemaal niet. Kan ik bewegingen voorspellen die plaatsvinden bij ligandbinding?

Schema van het cursusconcept

Dag 1: Seminar over homologiemodellering (H Venselaar).

YASARA-practica

Proteïnestructuren bekijken en bekijken
Homologiemodellering
Biologische/biomedische vragen beantwoorden met behulp van eiwitstructuren en -modellen”.
Dag 2: Seminars over bepaling en validatie van eiwitstructuur (R Joosten, G Vriend).

Practicals

Vergelijking van röntgen- en NMR-structuren
Validatie en implicaties van eiwitstructuur
Dag 3: Seminars over elektrostatica en moleculaire dynamica (D Hoffmann).

Practicals

Rol van elektrostatica
Biologische vragen beantwoorden met MD
Dag 4: Seminars over vergelijking van eiwitstructuur (Gast, H Venselaar, G Vriend).

Practicals

Sequentieanalyse wanneer structuurgegevens beschikbaar zijn
Medische vragen beantwoorden met sequentie-structuuruitlijningen
Dag 5: Eigen project uitgevoerd met hulp van CMBI-personeel.

Registratie en cursusgeld

U kunt zich voor deze cursus inschrijven en informatie over het tarief vinden op de inschrijfpagina. Het maximum aantal deelnemers is 20, dus schrijf u snel in om zeker te zijn van een cursus stoel!

De prijs is inclusief:

Cursusmateriaal: Handouts worden aan het begin van de cursus uitgedeeld. Software die nodig is voor de labcursus wordt online beschikbaar gesteld.
Catering: Koffie, thee en frisdranken en lunch worden verzorgd.
Voor meer informatie over het cursusprogramma kunt u contact opnemen met Celia van Gelder.

Voor meer informatie over de registratie of logistiek kunt u contact opnemen met het NBIC-kantoor.