Sacha van Hijum

“Ook al lukt het ons om alles te integreren, de onderliggende biologie zal zich niet zomaar aandienen.”

Bacteriële Genomics groep, CMBI, Radboud Universitair Medisch Centrum
NIZO Food Research
TI Food and Nutrition
www2.cmbi.ru.nl/groups/bacterial-genomics/research/
Groepsgrootte: 14

Wat is het leidende onderzoeksthema in jouw groep?
“De interacties tussen bacteriën en hun gastheer bestuderen met behulp van bioinformatica-tools. Deze interacties zijn interessant vanuit verschillende perspectieven, wat resulteert in een brede reikwijdte van onze groep. Bijvoorbeeld met betrekking tot gezondheid. Onze darmen, huid en tanden zijn bedekt met talloze verschillende bacteriesoorten. Welke kunnen ons ziek maken en welke hebben een gunstig effect op onze gezondheid? En die microbiota zijn meestal stabiel. Hoe wordt die stabiliteit gehandhaafd en wat kan een verstoring veroorzaken? Om deze vragen te beantwoorden, is integratie van kennis over individuele bacteriën en hun omgeving noodzakelijk om het netwerk van interacties tussen microbiota en hun gastheer te ontrafelen. Een ander aspect is veiligheid, wat relevant is voor voedselproductie. Kunnen we bederf of zelfs pathogeniteit voorspellen op basis van de genetische kenmerken van bacteriestammen?”
Met welk type groepen of organisaties werkt u het meest samen en waarom?
“We werken vooral samen met biologiegroepen, zowel academisch als industrieel. Via onze partnerschappen met NIZO, TIFN en het Kluyver Centre doen we onderzoek naar bacteriesoorten die verband houden met voeding en gezondheid. Met academische groepen werken we aan meer fundamentele vragen met betrekking tot fermentatie, microbe-gastheerinteracties of specifieke bacteriesoorten. We werken ook samen met medische groepen, bijvoorbeeld in klinische microbiologie of pediatrie. Voor laatstgenoemde zijn luchtweginfecties bij jonge kinderen met name relevant.”
Wat zijn vanuit jouw onderzoeksperspectief de belangrijkste uitdagingen in de bio-informatica op dit moment?
“Het grootste probleem is de communicatie over hoe een specifieke biologische vraag kan worden opgelost vanuit een geïntegreerde analyse van een specifieke dataset. In de race om meer data te genereren, is iedereen gefocust op het vinden van computationele methoden om al deze databronnen te koppelen en te integreren, omdat dat naar verwachting de ultieme oplossing is. Zelfs als we erin slagen om alles te integreren, wat ik betwijfel, zal de onderliggende biologie zich niet zomaar aandienen. Je hebt nog steeds grondige biologische kennis nodig, evenals kennis van de data om de beperkingen vast te stellen van wat je van een analyse kunt verwachten. Geavanceerde computationele tools zijn niet genoeg, je hebt veel ervaring en samenwerking tussen biologen en bioinformatici nodig om de optimale aanpak voor elke individuele vraag te vinden.”
Wat is de belangrijkste taak van een groepsleider?
“Overzicht houden, de juiste mensen met de juiste expertise bij elkaar brengen en jonge onderzoekers opleiden in het belang van interdisciplinaire communicatie. Hen ondersteunen bij het geven van duidelijke feedback en omgaan met feedback op hun eigen werk. Hen helpen kritisch en duidelijk te zijn, maar altijd op een constructieve manier.”
Hoe zou je de sfeer in je groep omschrijven?
“Vriendelijk, professioneel en open, mensen hier hebben echt het gevoel dat ze zich kunnen uitspreken. Onderzoek wordt heel serieus genomen en tijdens groepsbijeenkomsten worden er scherpe vragen gesteld, maar omdat er oprechte interesse is in elkaars werk, wordt dit zeer gewaardeerd, ook door gasten.”

Tekst Esther Thole.