Op 24 april worden er vier parallelle workshops georganiseerd. De workshops zijn gepland van 13:45 – 15:15.

Workshop Herkomstinformatie in bioinformatica
Workshop Personal Branding & Social Media: Wat is jouw MERK?
Workshop Subsidieaanvragen en schrijven: Waar is het geld?
eBiomics: een bioinformatica e-learningomgeving voor biologen

Herkomstinformatie in bioinformatica

Herkomst is een wetenschappelijk concept uit de geesteswetenschappen, waar het verwijst naar de chronologie van het eigendom of de locatie van een object. In e-science helpt herkomst wetenschappers en programmeurs bij het volgen van hun gegevens door alle transformaties, analyses en interpretaties. Met de huidige data-overvloed in bioinformatica is een uitgebreid herkomstkader essentieel om wetenschappelijke resultaten te reproduceren, de datakwaliteit te beoordelen en het wetenschappelijke proces en de resultaten te valideren.

Bioinformatica-workflows lenen zich uitstekend om gedetailleerde herkomstgegevens te verstrekken via een kader dat alle stappen en tussenliggende gegevens in de workflow volgt. Verschillende workflow engines en tools bieden al hooks of zelfs hun eigen framework voor herkomsttracking. Tijdens deze workshop bekijken we een aantal van deze oplossingen nader en bestuderen we de specifieke herkomstuitdagingen in bioinformatica. Ook presenteren we enkele praktische oplossingen om herkomst van gegevens in onderzoek op te nemen.

Agenda:
13:45 – 13:50 David van Enckevort (NBIC) – Inleiding
13:50 – 14:10 Pieter Neerincx (UMCG) Datamodellering Herkomst
14:10 – 14:30 Souley Madougou (AMC) Use cases van het PLIER-project
14:30 – 14:50 Radek Szklarczyk (CMBI) Herkomst in Galaxy
14:50 – 15:15 Discussie

Workshop Personal Branding & Social Media
Wat is jouw MERK?

Heb je er ooit bij stilgestaan ​​dat mensen om je heen, dichtbij of ver weg, bepaalde percepties over je hebben? Wat denken mensen professioneel over je? Past het bij de dingen die je te bieden hebt? Heb je onlangs misvattingen ontdekt?

Personal Branding is de algehele perceptie van jou, je kennis, je vaardigheden, de diensten die je te bieden hebt, jou als mens. Als je middelen waardevoller zijn dan mensen denken, krijg je misschien niet die promotie, die baan, dat bepaalde project waar je zo graag je handen op wilde leggen.

Doe mee aan deze workshop om Personal Branding te verkennen en hoe je sociale platforms kunt gebruiken om je persoonlijke merk te communiceren naar de buitenwereld. Jouw podium is de wereld, je hoeft alleen maar de gordijnen te openen!

Maximaal aantal deelnemers: 20

Organisator van de workshop: Mireille Vaal, Radboud Universiteit Nijmegen

Workshop Subsidiewerving en schrijven Waar is het geld?

In het huidige economische klimaat kan het vinden van financiering voor je volgende baan, je nieuwe groep of zelfs je favoriete onderzoeksstuk een lang en moeilijk proces zijn; er zijn talloze financiers en financieringsregelingen waarbij de regels elke vijf minuten lijken te veranderen. Het succesvol navigeren door de financieringsjungle is echter een belangrijk onderdeel van het leven van de overgrote meerderheid van de moderne onderzoekers en dat zal in de nabije toekomst niet veranderen.

Hoewel het ontmoedigend is, vooral voor degenen die hun eerste onafhankelijke subsidieaanvragen indienen, zijn er hulpmiddelen en strategieën die uw kans op succes kunnen vergroten. Dit is een kans om te verkennen welke financieringsmogelijkheden er zijn en om te leren over (en hoe u kunt vermijden) de meest voorkomende valkuilen bij subsidieaanvragen.

Agenda:
Phil Irving, EMBL, Heidelberg

Ervaringen van Nederlandse bioinformatici:

• Chris Evelo, hoofd van de afdeling Bioinformatics, Universiteit Maastricht
• Morris Swertz, hoofd van het Genomics Coordination Center, Groningen

eBiomics: een bioinformatica e-learningomgeving voor biologen

Patrick Koks – winnaar van de BIUP-posterprijs van vorig jaar – geeft een demonstratie van “eBiomics”, een e-learningplatform in bioinformatica dat bedoeld is als ondersteuning voor postdoctorale studenten en wetenschappers die betrokken zijn bij omics- of systeembiologieprojecten. Neem uw eigen laptop mee!

Met het steeds toenemende aantal en de omvang van datasets in de levenswetenschappen, groeit ook de uitdaging om deze data te analyseren en is er behoefte aan goed opgeleide onderzoekers. Bioinformatica-tools worden daarom steeds meer tools voor onderzoekers. Om meer mensen op te leiden en goede praktijken in bioinformatica te promoten, presenteren we eBiomics, een e-learningplatform in bioinformatica voor biologen. eBiomics is een didactische gids voor een uitgebreid scala aan online databases en tools waarnaar vaak wordt verwezen in -omics-toepassingen. Het systeem is gratis beschikbaar voor het publiek op www.ebiomics.org. Voor deze workshop is in samenwerking met Keygene een workflow ontwikkeld voor variatiedetectie met behulp van short read re-sequencing data.

Na een algemene introductie van de website en het navigatieschema, wordt u door een Conceptual Flow Chart (CFC) geleid, de grafische weergave van een workflow door eBiomics. We laten u een voorbeeld zien van een protocol in een Next Generation Sequencing Application, van pre-processing en mapping van ruwe NGS-data via variantdetectie tot variantannotatie en functionele annotatie van structurele varianten. Zo’n multi-step protocol is niet eenvoudig uit te voeren en vereist lokale installatie van veel (opdrachtregel)tools. We gebruiken een Galaxy-server, waarmee we een aantal van deze opdrachtregeltools aan elkaar kunnen koppelen en op de beperkte schaal van een testdataset kunnen laten zien wat er in de praktijk met deze tools kan worden gedaan.