algemene informatie

Datum: 16-18 december 2013
Locatie: Wageningen University, Nederland
Website: (Deze EPS-website bevat dezelfde cursusinformatie)
Trefwoorden: RNA-seq, transcriptoomanalyse, experimenteel ontwerp, read mapping, kwaliteitscontrole, differentiële expressie, RNA-bewerking, interpretatie, data-analyse, allelische expressie
Organisatoren: Harm Nijveen, Dick de Ridder & Edouard Severing (WUR bioinformatics laboratory), Gabino Sanchez-Perez (PRI), graduate school Experimental Plant Sciences (EPS)
Contactpersoon: Patrick Koks (WUR, NBIC), Patrick.Koks@WUR.NL
Registratie: inschrijfpagina

Korte cursusbeschrijving

De graduate school Experimental Plant Sciences (EPS), het Bioinformatics Laboratory (WUR) en het Netherlands Bioinformatics Centre (NBIC) organiseren een NGS-toepassingscursus over RNA-seq. Dit is een 3-daagse cursus die bestaat uit colleges in de ochtend en uitgebreide hands-on computerpractica in de middag.
De vragen van onderzoekers zijn de drijvende kracht van ons programma:

Welke vragen kunnen worden beantwoord met RNA-seq?
Hoeveel samples en replicaten heb ik nodig?
Welke stappen zijn betrokken bij een RNA-seq-experiment?
Wat is differentiële expressie?
Wat kan er misgaan?

Locatie

Wageningen UR, Wageningen.

ochtendsessies (colleges) zijn in zaal C92
middagsessies (workshops) zijn in zaal PC95
beide in Radix (gebouw 107), Droevdaalsesteeg 1
6708 PB, Wageningen

Docenten

Edouard Severing
Harm Nijveen
Gabino Sanchez-Perez
Elio Schijlen
Paul Eilers
Sandra Smit
Marco Bink
Aalt-Jan van Dijk
Ole Madsen
Basten Snoek
Richard Immink

Doelgroep

Deze beginnerscursus is bedoeld voor (post)doctorale onderzoekers en bioinformatici die morgen RNA-seq-analysemethoden op hun data willen gaan toepassen. De cursus is bedoeld voor mensen met een basiskennis van (NGS) data-analyse. Eerdere ervaring met NGS- of RNA-seq-data-analyse, R of Galaxy is niet vereist. We verwachten wel een redelijke computervaardigheid en een basiskennis van biologie, DNA-technologie en statistiek.

Cursusbeschrijving

Deze 3-daagse cursus leert u veel algemene aspecten van RNA-seq tijdens de ochtendcolleges over NGS- en RNA-seq-theorie, maar ook de context, toepasbaarheid, kracht en verwachte resultaten van RNA-seq-experimenten. Tijdens de practica leert u de basisstappen van een RNA-seq-pijplijn, hoe u uw gegevens interpreteert en hoe u de resultaten gebruikt in uw onderzoeksproject. Hiervoor gebruiken we Galaxy, R en webtools.

Dag 1 bestaat uit een introductie tot RNA-seq en NGS-technieken in het algemeen, gevolgd door gespecialiseerde lezingen over monsterbereiding en kwaliteitscontrole van uw ruwe gegevens. In de middag wordt Galaxy geïntroduceerd en gebruikt voor tutorials over kwaliteitscontrole en de eerste stappen van een RNA-seq-data-analysepijplijn.

Dag 2 gaat verder met lezingen over RNA-seq en differentiële expressie, statistische evaluatie van de verwerkte gegevens en GO-verrijking van uw resultaten. De statistische taal ‘R’ wordt geïntroduceerd en in de middag worden RNA-seq-gegevens geanalyseerd met behulp van zowel Galaxy als R.

Dag 3 richt zich op speciale toepassingen met behulp van transcriptoomgegevens, zoals RNA-bewerking, SNP-analyse en eQTL-analyse. Uw Galaxy-vaardigheden worden uitgedaagd in nog een tutorial over RNA-bewerking, gevolgd door een afronding. De cursus wordt afgesloten met een borrel.

De middagen van alle 3 dagen zijn gereserveerd voor workshops. Echte, maar beperkte datasets worden waar mogelijk gebruikt in praktische tutorials met behulp van open source software.

onderwerpen

Experimenteel ontwerp
Sequencingvereisten
Biologische toepassingen
Een RNA-seq data-analysepijplijn (kwaliteitscontrole, mapping, identificatie, kwantificering)
Differentiële expressie
Gebruiksscenario’s

Formaat

workshops:

Algemene introducties in R en Galaxy
Datakwaliteitscontrole (Galaxy)
Datakwaliteitscontrole in een statistisch perspectief (R)
RNA-seq data-analysepijplijn (R)
RNA-seq data-analysepijplijn (Galaxy)
RNA-bewerking (Galaxy)

Registratie

U kunt zich op deze pagina aanmelden voor deze cursus.
Er zijn maximaal 35 plaatsen beschikbaar voor deze cursus. Na aanmelding ontvangt u vóór 1 december of binnen 2 weken na uw aanmelding een bevestiging van deelname. 20 plaatsen voor deze cursus worden gereserveerd voor leden van EPS tot 1 december. Na die datum zijn alle plaatsen beschikbaar voor geïnteresseerden.

Registratie

Alle 35 beschikbare plaatsen voor deze cursus zijn vol.

U kunt hier het voorinschrijvingsformulier invullen om ons te laten weten dat u geïnteresseerd bent in de volgende editie van deze cursus. Een datum (vermoedelijk medio 2014) is nog niet vastgesteld.
Voor de lezingen tijdens de ochtendsessies hebben we een grotere collegezaal. Neem contact op met Patrick.Koks@wur.nl voor beschikbaarheid als u deze wilt bijwonen.

Cursusvoorbereidingen

Voor de (middag)computerworkshops gebruiken we standaard Windows-desktops met een webbrowser voor externe toegang tot een lokale Galaxy-instantie in Wageningen (de belangrijkste, openbare Galaxy-server is hier: https://usegalaxy.org/). Toegang tot de lokale server en demobestanden wordt op de eerste dag van de cursus geregeld. Voor de R-workshops gebruiken we lokale installaties in de computerruimte met RStudio voor eenvoudigere interactie met ‘R’. Voor de absolute beginner kan ‘R’ een beetje uitdagend lijken, maar we zullen je er voorzichtig mee introduceren. Toch geeft een beetje oefenen voor de start van de cursus je een voorsprong. Hiervoor heb ik een zeer korte en gemakkelijke tutorial opgenomen (zie deze pdf op de R-website). Na deze tutorial installeer je de nieuwste versies van R en RStudio (Windows, Mac of Linux) en volg je een paar zeer eenvoudige voorbeelden die je een voorproefje geven van de syntaxis en kracht van R, gegevensverwerking, plotten, enz. Kun je de fouten (3) in de tutorial vinden? Op het moment van schrijven zijn dit R-versie 3.02 en RStudio versie v0.97.551. Mocht u verder willen gaan, dan is het installeren van het basis DESeq-pakket een kwestie van 3 regels in uw console typen: source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”) biocLite(“BiocUpgrade”) biocLite(“DESeq”) de volgende 2 regels starten het pakket en openen een pdf met de DESeq-tutorial: library(DESeq) vignette(“DESeq”) Deze pakketten worden tijdens de cursus voorgeïnstalleerd, dus u hoeft dit nu niet zelf te doen. De Power of RNA-seq-cursuslezingen van WUR & NBIC vallen onder een Creative Commons Naamsvermelding-NietCommercieel-GeenAfgeleideWerken 3.0 Niet-geporteerde licentie. Gebaseerd op een werk op de Power of RNA-seq.